Năm 870, do Tiết độ sứ đương nhiệm Hà Toàn Hạo (con Hà Hoằng Kính) tàn nhẫn khắc nghiệt, thích giết người làm vui, lại dùng xử tử hay đánh đập tàn nhẫn tội nhân kể cả những người chưa trưởng thành, nên quân sĩ lấy làm bất bằng. Khi quân sĩ nghe được tin Toàn Hạo có ý cắt giảm chi phí ăn uống và quân phục của họ, bèn liên thủ làm phản. Toàn Hạo được tin, nhảy lên ngựa bỏ trốn, quân sĩ đuổi theo, bắt được và giết Toàn Hạo[4]. Hàn Quân Hùng được quân sĩ ủng hộ, lên nắm quyền. Tiết độ sứ Thành Đức[5] dâng thư lên Đường Ý Tông xin công nhận Hàn Quân Hùng. Nhà Đường chấp thuận, phong Phổ vương Huyên làm Tiết độ sứ, Hàn Quân Hùng làm Tả Tán kị thường thị, Ngự sử trung thừa, Tiết độ quan sát lưu hậu[2]. Chưa được một tháng, lại có chiếu chuyển ông làm Kiểm giáo Công bộ thượng thư, Ngụy châu đại đô đốc phủ trưởng sứ, tiết độ quan sát sứ Ngụy Bác.

Năm 873 dưới thời Đường Hi Tông, được nhận chức Đồng trung thư môn hạ bình chương sự, ban tên mới là Doãn Trung. Năm 874, Hàn Doãn Trung qua đời, được truy tặng là Thái úy. Quân trung ủng hộ người con trai trưởng của ông là Tiết độ phó sứ Hàn Giản lên thay, triều đình đồng ý công nhận[2].